Идея выпустить телепередачу для детей появилась у главного редактора программ для детей и юношества Валентины Фёдоровой после посещения ГДР, где она увидела мультфильм о песочном человечке.


Первые выпуски были в виде картинок с закадровым текстом. Но со временем вид передачи несколько изменился. В ней большую часть времени занял мультфильм, перед которым шла интермедия с участием ведущих и популярных героев — Фили, Хрюши и Степашки. Эту троицу придумал редактор детской редакции Владимир Шинкарев.

Первым актером, озвучивавшим Филю, был Григорий Толчинский. Он любил шутить: «Уйду на пенсию, издам книгу «Двадцать лет под юбкой тети Вали». Сегодняшний голос Фили — актер Сергей Григорьев.

В 1999 году передача не выходила, так как ей не нашли места в эфирной сетке, вместо неё транслировался детективный телесериал «Убойная сила».

Передача «Спокойной ночи, малыши!» трижды становилась лауреатом телевизионной премии ТЭФИ (в 1997, 2002 и 2003 годах) в номинации «Лучшая детская программа».

Первая заставка, появившаяся в 1964 году, была чёрно-белой. Заставка изображала часики с двигающимися стрелками. Тогда у передачи не было постоянного времени выхода, и автор заставки, художник Ирина Власова, всякий раз выставляла время заново. В конце 1970-х заставка стала цветной. Вместе с заставкой исполнялась колыбельная «Спят усталые игрушки», которая появилась в 1963 году.

Хрюша разговаривал голосом старейшего работника программы Натальи Державиной. Можно сказать, что она посвятила жизнь своему любимому поросенку. А дом актрисы был буквально завален игрушечными свиньями — подарками от друзей и зрителей. После того, как Наталья Державина скончалась, Хрюша стал говорить голосом Оксаны Чабанюк.

С 1994 года по настоящее время передача выпускается телекомпанией «КЛАСС!».

Степашку озвучивает Наталья Голубенцева. Актриса настолько сжилась со Степашкой, что вклеила совместное с ним фото в свое удостоверение заслуженной артистки.

В 1982 году была сделана заставка в виде пластилинового мультфильма.

Очень долго не могли подобрать актрису на роль Каркуши. Многие актрисы, пробовавшиеся на роль, так и не смогли вжиться в образ забавной вороны, пока в «Спокойной ночи» не пришла Гертруда Суфимова. И представить Каркушу другой было уже невозможно… Когда в 1998-м, на 72-м году жизни, актриса умерла, ворона поселилась на руке актрисы Галины Марченко.