Поначалу снимать хотели на Чукотке, но, съездив туда в экспедицию, отказались от этой затеи: уж больно короткое там лето, в течение которого только и можно работать. Поэтому киношники перебрались на Кольский полуостров. Расположились недалеко от города Апатиты Мурманской области. Здесь развернулось настоящее стойбище.
Прилетевшие с Чукотки каюры-погонщики занимались собаками и оленями. А плотники возводили декорации. И все это происходило в жуткий холод. Неудивительно, что оператор картины Эдуард Розовский подхватил воспаление легких, и врачи всерьез опасались за его жизнь. А актер Михаил Кононов позднее вспоминал, что в мае начал таять снег, поэтому приходилось подниматься все выше и выше в горы. Из-за огромного перепада давления у многих членов группы шла кровь из носа и ушей.

Нетрудно себе представить, как все обрадовались, когда узнали, что летнюю Чукотку будут снимать в Крыму, под Судаком. Оказалось, что черноморское побережье очень смахивает на суровый край летом.
«Отсняли мы зимний период, оставалось найти летнюю Чукотку, – вспоминает режиссер картины. – Перепробовали разные варианты, и оказалось, что лучше черноморского побережья в районе Судака не найти. Построили точно такое же становище, как и в Апатитах, и приступили к работе». Для съемок пришлось выкрасить скалы в белый цвет.
Пустили льдины из пенопласта, с Чукотки завезли чукчей для массовки, яранги, нарты и собак. В сорокаградусную жару актерам пришлось ходить в шубах. А советские корабли задекорировали под американские суда. На все с любопытством смотрели отдыхающие.

Съемки шли на закрытом ракетном заводе. Массовки не хватало, и дали объявление на радио о том, что всех желающих принять участие в съемках картины «Начальник Чукотки» ждут на съемочной площадке, главное условие – похожесть на чукчу. На следующее утро у ворот военного завода уже стояло три десятка раскосых граждан татарской национальности».
Отдыхающие в то время на черноморском курорте советские граждане были немало удивлены видом пенопластовых льдин, ярангами, нартами, северными оленями и собачьими упряжками. Но больше всего их забавляла массовка чукчей, в 30-градусную жару расхаживавших по пляжу в национальных меховых одеждах.
Виталий Мельников вспоминал: «Чукотку снимали в Крыму из-за рыбалки. Дело в том, что оператор картины Эдуард Розовский незадолго до «Начальника Чукотки» снимал «Человека-амфибию» и очень хорошо знал крымское побережье. Кроме того, он — страстный рыбак. Мы с Эдиком много работали в научно-популярном кино, и он, как правило, выбирал объекты, где есть возможность порыбачить. По-моему, из этих низменных побуждений Розовский и начал агитировать меня снимать в Крыму.

Я подумал и согласился: крымское побережье поразительно похоже на чукотское. Но работать пришлось при 30-градусной жаре. Чтобы облегчить страдания актеров, крупные планы снимались так: актер одет в меховую малицу и шапку, а сам в плавках, на ногах тапочки».
«Действие фильма «Начальник Чукотки» продолжается весной и летом, следовательно, наше чукотское стойбище, до сей поры укрытое снегами, должно возникнуть перед зрителем уже в летнем обличье — на фоне сопок и скал, на берегу моря. Как это ни странно, но похожий пейзаж мы обнаружили в Крыму под Судаком.
С Розовским и Марксеном мы днями карабкались по скалам, крейсировали на шлюпке вдоль побережья и, когда наконец обнаружили подходящее, совершенно пустынное место, были схвачены пограничниками и доставлены в штаб какой-то очень секретной ракетной базы. Мы долго оправдывались и объяснялись, пока скучающие ракетчики не согласились нам помочь под большим-большим секретом.