Кусто умер в возрасте 87 лет от инфаркта миокарда в результате осложнения респираторного заболевания. Похоронен на фамильном участке на кладбище Сен-Андре-де-Кюбзак.
Награды
Командор ордена Почётного легиона
Кавалер Большого креста Национального ордена «За заслуги»
Военный крест 1939—1945
Офицер ордена Морских заслуг
Командор ордена искусств и литературы
Медаль прогресса (Фотографическое общество Америки) (1977)