Родился 21 ноября 1923 года в селе Поморье (ныне не существует, было расположено в границах Топчихинского района Алтайского края) в семье крестьянина Севастьяна Андреевича Карнакова. Получил неполное среднее образование, работал в колхозе.

В марте 1942 года Топчихинским райвоенкоматом призван в Рабоче-крестьянскую Красную армию. В действующих войсках с 19 июля 1942 года, воевал на Воронежском, затем на Юго-Западном фронте. Согласно наградным документам, в боях под Воронежем Карнаков уничтожил 38 дзотов противника с вооружением и расчётом. К началу 1943 года красноармеец Карнаков — наводчик орудия 6-й батареи 844-го артиллерийского полка (303-я стрелковая дивизия, 57-я армия, Юго-Западный фронт).

В бою за населённый пункт Прокудино 25 января 1943 года Карнаков прямой наводкой уничтожил 4 станковых пулемётов противника и до 150 автоматчиков, обеспечив беспрепятственное продвижение советской пехоты. В результате боя Прокудино было занято советскими войсками.

В ходе наступления на Харьков 12 марта 1943 года 844-й артиллерийский полк поддерживал боевые действия стрелковых полков дивизии в районе населенного пункта Коротыч (ныне посёлок городского типа, Харьковский район, Харьковская область, Украина). Орудие Карнакова находилось в боевых порядках 845-го стрелкового полка, позиции которого были атакованы крупными силами противника при поддержке танков и штурмовых орудий. Расчёту орудия удалось уничтожить 5 танков и до 50 солдат противника. В ходе боя весь расчёт, кроме раненого в ногу Карнакова, был уничтожен. Красноармеец, в одиночку заряжая и наводя орудие, сумел подбить ещё два немецких танка. Израсходовав все снаряды и оказавшись в окружении, Карнаков подорвал себя и орудие противотанковой гранатой.

Указом Президиума Верховного Совета СССР от 7 августа 1943 года за образцовое выполнение боевых заданий командования на фронте борьбы с немецкими захватчиками и проявленные при этом отвагу и геройство красноармейцу Карнакову было посмертно присвоено звание Героя Советского Союза.