Случай с Онодой не был единичным. В этой связи японское правительство в 1950 году создало специальную комиссию по спасению японских солдат, остающихся за рубежом. Впрочем, она не могла немедленно приступить к работе из-за политической нестабильности на Филиппинах.

7 мая 1954 года в горах острова Лубанг отряд филиппинской полиции столкнулся с группой Оноды. В ходе перестрелки был убит Сёити Симада. После этого инцидента филиппинское правительство разрешило членам японской комиссии начать поиски японских солдат. На основе показаний Юити Акацу комиссия проводила поиск в течение мая 1954 года, всего 1958 года и мая-декабря 1959 года, но найти Оноду и его подчинённого Кодзуку не смогла. По прошествии десяти лет, 31 мая 1969 года японское правительство вторично объявило их погибшими и посмертно наградило Орденом Восходящего Солнца 6-й степени.

В январе 1972 года на острове Гуам, который находился под контролем США, был случайно найден уцелевший капрал японской армии Сёити Ёкои. Этот случай показал, что некоторые японские солдаты продолжают скрываться на островах Тихого Океана и не знают об окончании Второй мировой войны. Между тем 19 сентября 1972 года филиппинская полиция застрелила одного японского солдата во время реквизирования им риса у крестьян. Им оказался Кинсити Кодзука, последний подчинённый Оноды. В связи с этим 22 октября того же года Министерство благосостояния Японии отправило на Филиппины делегацию из членов разведывательной комиссии по спасению японских солдат, а также родственников погибшего и Оноды. Но поиски последнего результатов не дали.

В течение 30 лет пребывания в джунглях Лубанга Онода адаптировался к их условиям, вёл кочевой образ жизни, собирал сведения о противнике и событиях в мире, а также осуществил ряд нападений на филиппинское население. Разведчик питался сушёным мясом диких буйволов, которые были подстрелены им самим, а также плодами пальм, преимущественно кокосов. Со своими подчинёнными Онода совершил более ста нападений на американскую радарную базу, филиппинских чиновников, полицию и крестьян. В ходе этих операций им были убиты 30 и тяжело ранены более 100 военных и гражданских лиц.

Во время одного из нападений на базу противника разведчик получил радиоприёмник, переоборудовал его на принятие дециметровых волн и стал получать информацию о положении в окружающем мире. Он также имел доступ к японским газетам и журналам, которые оставляли в джунглях члены поисковых японских комиссий. Он был хорошо осведомлён о событиях в Японии: знал о женитьбе принца Акихито в 1959 году, о проведении Летних Олимпийских игр в Токио в 1964 году и о «японском экономическом чуде», но отказывался верить в поражение своей страны во Второй мировой войне. Ещё перед отправкой на фронт Оноду учили в офицерском училище, что противник будет прибегать к массовой дезинформации о конце войны, поэтому он воспринимал все события политического характера под искажённым углом зрения. Так, разведчик думал, что правительство, которое контролирует Японию после 1945 года, — это марионетка США, а настоящее Императорское правительство находится в изгнании на территории Маньчжурии.
Начало Корейской войны 1950—1953 годов казалось Онода началом контрнаступления японцев из Маньчжурии на позиции США на юге Кореи, а затяжная война во Вьетнаме 1959—1975 годов расценивалась им как успешная кампания Императорской армии Японии против американцев, которые вот-вот должны капитулировать.

20 февраля 1974 года молодой японский путешественник студент Норио Судзуки случайно нашёл Оноду в джунглях Лубанга.

Судзуки пытался склонить его к возвращению на родину, рассказывая о конце войны, поражении японцев и современном процветании Японии. Однако Онода отказался, объясняя, что не может покинуть место службы, потому что не имеет разрешения на это от своего старшего офицера. Судзуки вернулся в Японию один, но привёз фотографии японского разведчика, которые произвели фурор в японских средствах массовой информации.
Японское правительство срочно связалось с Ёсими Танигути, бывшим майором Императорской армии Японии и непосредственным командиром Оноды, который после окончания войны работал в книжном магазине. 9 марта 1974 года Танигути прилетел на Лубанг, вышел на связь с Онодой, будучи одет в военную форму, и объявил ему следующий приказ:

1. Согласно приказу Его Величества все военные подразделения освобождаются от выполнения боевых операций.
2. Согласно приказу № 2003 о боевых операциях «А» особая группа Генерального штаба 14-й армии освобождается от выполнения всех операций.
3. Все подразделения и лица, которые подчиняются особой группе Генерального штаба 14-й армии, должны немедленно прекратить бои и манёвры и перейти под командование ближайших высших офицеров. Если это невозможно, они должны непосредственно связаться с армией США или армиями их союзников и следовать их инструкциям.