Лодку закончили постройкой в начале июля. Командование конфедератов назначило ее командиром лейтенанта Джона Пайна , а экипаж набрали из добровольцев. Они начали осваивать технику. Уже 31 июля состоялась демонстрация возможностей субмарины. Буксируемой плавучей миной (90 фунтов черного пороха, т.е. 40,8 кг) удалось взорвать старую угольную шаланду.
Испытания показали, что для успешного применения такой мины требовалось перейти из позиционного положения в подводное не далее, чем в 200 ярдах (183 м) от цели, а глубина воды должна быть такой, чтобы субмарина могла пройти под килем атакуемого судна, буксируя мину на канате длиной 150 футов (45,7 м). Через 5—6 минут лодка всплывала за целью и в этот момент мина ударяла в днище атакуемого корабля. Но даже столь близкое расстояние не гарантировало успеха, т.к. канат имел свойство провисать под собственной тяжестью. Поэтому позже от этого оружия отказались. Вместо него к носу лодки прикрепили шест длиной 6 метров с медным цилиндром на конце. Он был начинен 70 фунтами (32 кг) черного пороха и снабжен несколькими контактными взрывателями. Тем временем северяне усилили морскую блокаду Чарлстуона. Поэтому конфедераты 12 августа доставили туда на двух железнодорожных платформах подводную лодку, укрытую от посторонних глаз брезентом и спустили на воду.
Но 29 августа 1863 г., после одного из учений, лодка внезапно затонула в тот момент, когда она возвращалась к причальной стенке форта Джонсон. По одной версии, проходивший мимо пароход развел волну, захлестнувшую открытый люк. По другой версии — командир, стоя в люке, случайно нажал рычаг заполнения балластной цистерны, в результате чего лодка ушла под воду с открытым люком. Спастись удалось лейтенанту Пайну, находившемуся в тот момент в переднем люке, и двум матросам. Пять человек погибли.
Лодку подняли через две недели (14 сентября) с глубины 42 фута (12,8 м) и привели в порядок. Тем временем Ханли, узнав о катастрофе, решил взять дело в свои руки. Он сам приехал в Чарлстуон, чтобы возглавить новый экипаж. Поднятая и отремонтированная субмарина .
11 октября под его командованием успешно имитировала на реке Купер атаку стоявшего на якоре парохода «Indian Chief» (Индейский вождь) Но спустя 4 дня вновь произошла катастрофа. Утром 15 октября во время очередного погружения лодка затонула. В 9.25 она отошла от причальной стенки и в 9.35 начала погружаться. Расстояние от причала оставляло всего лишь 500 ярдов (457 м).
Хорас Ханли находился на своем посту под закрытым передним люком. Второй офицер Томас Парк (сын совладельца завода, где построили эту лодку) находился под задним люком. Судя по материалам расследования, Парк не успел заполнить водой кормовую балластную цистерну одновременно с носовой, которую наполнял Ханли (возможно, что командир слишком поздно приказал Парку сделать это). В результате субмарина, продолжавшая двигаться вперед, внезапно получила значительный дифферент на нос и стремительно пошла вниз. Со всего размаха она вон­зилась носом в дно под углом 35 градусов. Попытки экипажа всплыть оказались безуспешными. Вода из передней балластной цистерны разлилась в носовой части корпуса, а задняя цистерна не успела наполниться водой, так что откачивать было нечего. Мощность «живого мотора» являлась недостаточной для того, чтобы вытащить лодку из грунта задним ходом. Отвернуть заржавевшие болты, державшие съемный киль, обезумевшей от ужаса команде тоже не удалось.
Только через три недели водолазы нашли лодку на глубине 50 футов (15,2 м).
Когда паровой лебедкой ее вытащили на поверхность, то обнаружили, что внутреннее пространство в основном свободно от воды, и что команда погибла от удушья.
Одним из первых внутрь поднятой на берег лодки спустился военный комендант Чарлстоуона, генерал П. Бэригард .

Позднее он вспоминал :
«Зрелище было неописуемо ужасным. Изогнутые агонией люди сгрудились в кучу на дне. На лицах у всех застыло выражение отчаяния и смертельной муки. Некоторые держали в руках обгоревшиесвечи. Ханли находился на своем посту. Правой рукой он упирался в крышку люка, словно пытался открыть его, в левой была зажата свеча».
В конце ноября третьим по счету командиром невезучей субмарины стал пехотный лейтенант из 21-го Алабамского полка Джордж Диксон. Перед ним стояли две трудные задачи. Во-первых, набрать новый экипаж лодки, получившей широкую известность как «плавучий фоб» и «убивающая машина». Во-вторых, научиться управлять этой посудиной таким образом, чтобы она могла не только плавать, но и воевать. Что касается первой проблемы, решить ее помогли деньги.
Бизнес в Чарлстоуоне и его окрестностях погибал из-за блокады федерального флота. Поэтому местные предприниматели учредили солидный призовой фонд. Так, 100 тысяч долларов (2,5 миллиона по нынешнему курсу!) гарантировались экипажу миноносца («Давида» или «Ханли») за потопление броненосца »Новый Железнобокий» («New Ironsides»). Алчность победила страх. Желание стать подводниками выразили пять матросов парохода » Индейский Вождь» («Indian Chief»), еще три добровольца прибыли из Мобайла.
Со второй проблемой Диксон справился путем тщательного изучения на практике технических и эксплуатационных особенностей субмарины. Он тренировал экипаж на мелком месте, при этом прочный трос соединял лодку с паровой лебедкой на берегу, готовый вытащить ее по первому сигналу. За два месяца Диксон довел время пребывания под водой до двух с половиной часов. Наиболее целесообразная тактика ее применения выглядела следующим образом.

Выйти на рубеж атаки в темное время суток, в позиционном положении.
Избрать целью корабль, стоящий на якоре.
Взять курс, перпендикулярный центральной части его борта, закрепить руль и погрузиться тогда, когда до него останется не более 300 ярдов (274 м).
Бросить все силы людей на то, чтобы преодолеть это пространство одним рывком. Ударить шестовой миной в подводную часть корабля и немедленно дать задний ход.
Разумеется, вероятность того, что лодка погибнет вместе с жертвой, была велика, но ни на что другое столь примитивная субмарина просто не годилась. В начале февраля 1864 г. экипаж был готов к бою.
Лодке дали имя «Х. Л. Ханли» в честь погибшего капитана Ханли. Вечером 17 февраля 1864 г. субмарина наконец-то отправилась в свой первый боевой поход.