18 сентября 2015 года Служба безопасности Украины начала расследование в отношении Анатолия Вассермана по обвинению в сепаратизме и разжигании национальной вражды. По запросу депутата Верховной Рады Украины от фракции "Блока Петра Порошенко" Алексея Гончаренко Следственный комитет СБУ возбудил уголовное дело по ч. 2 ст. 110 (сепаратизм) Уголовного кодекса Украины против Вассермана. Ему вменяется распространение в течение 2015 года материалов, содержащих призывы к изменению границ и территории Украины, в совокупности с разжиганием национальной вражды. В ответ Вассерман заявил: «Я очень рад, что мои заслуги перед российским народом в целом и перед той его частью, которую нынче принято называть украинской, в частности, признаны таким вот официальным образом». По его словам, он «выступал против украинского сепаратизма с тех самых пор, как он вообще вошел в сферу публичного обсуждения».