После выхода в 2000 году «Брата 2» актёр уехал в Калифорнию, где снялся в фильме своего отца «Давай сделаем это по-быстрому» — криминальной драме о разборках русской мафии. В это же время Бодров-младший начал работу над сценарием своего первого режиссёрского проекта. Фильм «Сёстры», который называют женской версией «Брата», вышел в прокат в 2001 году и завоевал гран-при «Кинотавра». Картина стала дебютом для актрисы Оксаны Акиньшиной, которой на момент начала съёмок было 13 лет, как и её героине Свете — старшей из двух сестёр, которые вынуждены скрываться от бандитов, преследующих её отца-вора и всю его семью. Сам Бодров был вынужден сыграть небольшую второстепенную роль, так как на неё не нашлось подходящего актёра. Его персонаж — незнакомец, который обещает Свете защиту, если она попросит, — напоминает, конечно, Данилу Багрова, что даёт ещё больше поводов называть картину «Братом 3». Хотя, став неким отголоском уходящих в прошлое 90-х, фильм не имел такого же успеха, как «Брат», по нему можно было судить о ещё и несомненном режиссёрском таланте Бодрова. А его популярность к этому моменту достигла уровня, при котором фамилия уже не нуждалась в приставке «младший» — это после имени его отца теперь всё чаще стали писать «старший».

Одновременно с режиссёрским дебютом в 2001 году Сергей Бодров вернулся на телевидение, где уже работал — с 1996 по 1999 годы он был ведущим программы «Взгляд». В этой же роли он выступил в новом реалити-проекте «Последний герой», где участники выживали на необитаемом острове. Бодров в каком-то смысле «привёл» с собой музыкантов, писавших музыку ко многим фильмам с его участием и записавшим саундтрек для шоу. Заглавной композицией стала впоследствии звучавшая «из каждого утюга» песня группы «Би-2», которые годом ранее написали ставшую не менее популярной песню «Полковник» для «Брата 2». Помимо этого, на концерте-презентации саундтрека к программе выступили и Вячеслав Бутусов, и «Смысловые галлюцинации», и другие музыканты, имевшие непосредственное отношение к обоим фильмам Балабанова.

К слову, в этом же году начались съёмки третьего совместного фильма Балабанова и Бодрова, которому на этот раз, правда, досталась второстепенная роль. Премьера фильма «Война» состоялась летом 2002 года, всего за три с лишним месяца до трагедии в Северной Осетии. Картина объехала и российские, и международные фестивали, а в апреле 2003 года на церемонии вручения премии «Ника» Сергей Бодров был награждён статуэткой за лучшую мужскую роль второго плана — уже посмертно.

Работу над своим вторым и так и не завершённым фильмом «Связной» Сергей начал тем же летом 2002 года. Он должен был стать, по словам самого режиссёра, «философско-мистической притчей о жизни двух друзей». В отличие от дебютных «Сестёр», в этой картине Серегей Бодров должен был сыграть одну из главных ролей — агента ФСБ, который работает под прикрытием во Владикавказе и, прикинувшись мусорщиком, ведёт наблюдение за квартирой наркодилера Ильяса. По ходу действия он знакомится с наркокурьером с экстрасенсорными способностями Катей, театральным режиссёром Арменом и бездомным мальчиком, способным видеть будущее и называющим себя «связным». Съёмки начались 19 сентября, всего за сутки до схода ледника: в первый день день группа работала во владикавказкой колонии, на следующее утро отправилась в горы.

Сход ледника произошёл в 20:00, когда, задержавшиеся до вечера, чтобы успеть поймать нужный свет, режиссёр, актёр и другие участники процесса направлялись в гостиницу. Многие видят в случившемся множество мистических совпадений: и непредвиденно затянувшийся рабочий день, и то, что по счастливому стечению обстоятельств в тот день на съёмках не было исполнителей ролей Кати (Анна Дубровская) и Армена (Александр Мезенцев) — именно они, по сюжету фильма, остаются в живых. Известно, что начаться съемки и вовсе должны были ещё летом, а сцены в горах режиссёр планировал снять за 10 дней — в Москве Сергея Бодрова почти на месяц задержало рождение сына Саши, который появился на свет 27 августа. Случившееся стало потрясением не только для семьи и коллег Бодрова, но и, кажется, для целой страны — поверить в то, что погиб герой, символ, любимый актёр целого поколения, было невозможно. Поисковые работы, начавшиеся в Кармадонском ущелье после схода ледника, продолжались до 2004 года — друзья и родственники продолжали искать группу даже после завершения официальной спасательной операции. Сергей Бодров, которому на момент трагедии было 30 лет, по сей день считается пропавшим без вести.