Отличительной особенностью магазина стало размещение при нём значительного числа собственных производств, среди которых было несколько небольших пекарен, кондитерский цех, цеха засолки, копчения, маслоотжима, обжарки кофе, колбасная фабрика, также непосредственно в подсобных (в основном — подвальных) помещениях магазина разливались вина и напитки, изготовлялись варенья и мармелады. Продукты собственного производства составляли значительную часть ассортимента гастронома. Значительные площади в подвальной части занимал винный погреб, также в здании была размещена собственная мастерская.

В особняке также была устроена контора магазина и кабинет управляющего, среди подсобных помещений одна большая комната была выделена под столовую для персонала. Помещения третьего этажа сдавались Московскому коммерческому суду, также на третьем этаже с 1901 года существовал литературный кружок. Магазин был ориентирован на состоятельных потребителей, подъезжающих на экипажах, со всех сторон вокруг магазина и далеко вглубь Большого Гнездниковского переулка стояли кареты в ожидании хозяев, совершающих покупки в гастрономе.

Продавцы, подбирались из владевших несколькими иностранными языками, индивидуально общались с покупателями, консультировали по ассортименту, знали особенности и привычки постоянных клиентов. Корзины с покупками выносили к каретам швейцары. Ежедневно гастроном посещало около 400—500 покупателей. Небогатые и скромные горожане в помпезно декорированный и обстоятельно обслуживаемый магазин заходить стеснялись.

Одной из находок Елисеева, позднее повторённой во многих российских и советских магазинах, стала выкладка товара крупными пирамидами, символизирующими изобилие. Ещё одной особенностью, обеспечивающей привлечение женщин в магазин, стала торговля небольшими пирожными собственной выпечки («пти-фур»), которыми кавалеры проездом угощали дам. Среди деликатесных продуктов, ранее малоизвестных московским потребителям и популяризированных гастрономом — трюфели, анчоусы. Широта ассортимента твёрдых и мягких импортных сыров, разнообразие сортов кофе и чая также значительно выделяли магазин среди продуктовых лавок того времени. Другие ключевые ассортиментные группы гастронома — традиционные для Елисеевых фрукты, вина и освоенные в конце XIX века оливковые масла?.

С особенной тщательностью Елисеев относился к выкладке товара и лично определял решения по размещению и раскладке, следил за качеством и презентабельностью продуктов, в частности, не допускались даже малейшие помятости на фруктах, а персонал гастронома после закрытия съедал начавшие портиться плоды (так как выносить или выбрасывать их Елисеев запрещал по представительским соображениям).

После Октябрьской революции 1917 года магазин проработал всего два дня, а в 1918 году вывески сданы в металлолом. В условиях карточной системы, в первые годы Советской власти гастроном фактически не работал. Лишь в 1921 году с осуществлением Новой экономической политики продовольственный магазин на традиционных площадях восстановил функционирование и получил наименование «Гастроном № 1». Несмотря на смену названия, гастроном всё равно идентифицировался как «Елисеевский», притом даже в некоторых официальных документах времён СССР фигурировал как «Гастроном № 1 „Елисеевский“». В 1930-е годы упоминался в контексте развития пищевой индустрии СССР как передовой и технически оснащённый розничный магазин. Гастроном отличался широким ассортиментом и наличием экзотических продуктов, недоступных в других торговых точках, в частности, был единственным в СССР местом, где в 1930-е годы свободной продаже имелись ананасы.