В апреле 1944 года А.Ф. Фёдоров был направлен на руководящую партийную работу. С апреля 1944 по январь 1949 года работал 1-м секретарём Херсонского, с 1950 года — Измаильского, а с 1952 года — Житомирского обкомов Компартии Украины. В 1950 году учился на курсах Академии общественных наук при Центральном комитете партии. С 1957 по 1979 год легендарный партизанский командир являлся бессменным руководителем Министерства социального обеспечения Украинской ССР. Был членом президиума Советского комитета ветеранов войны, председателем комиссии по делам бывших партизан Великой Отечественной войны при Президиуме Верховного Совета Украинской ССР. Избирался депутатом Верховного Совета СССР 1-го — 11-го созывов, депутатом Верховного Совета Украинской ССР 1-го – 7-го созывов. С 1979 года находился на руководящей общественно-политической работе.

Жил в Киеве. Скончался 9 сентября 1989 года.
Похоронен в Киеве на Байковом кладбище. Авторы памятника скульптор А. А. Ковалёв, архитектор О. К. Стукалов.

В Киеве на доме № 9 по улице Заньковецкой, в котором с 1966 по 1989 годы проживал А.Ф. Фёдоров, установлена мемориальная доска.