Большинство фильмов, поставленных Губенко, посвящено сложностям сосуществования очень разных людей. Эту своеобразную модель мира он, воспитанник детского дома, постоянно исследовал и проверял на прочность.

Последней лентой Губенко-режиссёра стал рассказ о восстановлении деревни после урагана «Запретная зона» (1988). В анимационном фильме «Ку! Кин-дза-дза» (2013) озвучил роль утончённого интеллигента профессора Чижова, продемонстрировав виртуозное перевоплощение вплоть до полного фонетического «неузнавания».

Автор и соавтор сценариев многих своих фильмов.

Участвовал в документальных фильмах: «Мои современники» (1984), «Чтобы помнили. Георгий Бурков» (1997), «Борис Хмельницкий. Страсти по Борису» (2008), «Алла Ларионова. Сказка о советском ангеле», «Никто не хотел забывать. Будрайтис, Банионис и другие», «Он сражался за Родину. Василий Шукшин» (все – 2009) и др.

Губенко посвящены документальные фильмы «Верность подранка. Николай Губенко», «Николай Губенко. Я принимаю бой» (оба – 2011).

Член Коммунистической партии Советского Союза (1987), член Центрального комитета КПСС (1990–1991). Член Президиума ЦК КПРФ (1997–2002). Один из видных деятелей Коммунистической партии Российской Федерации.

В 1989–1991 гг. министр культуры СССР. На этой должности противодействовал возвращению еврейских религиозных книг и рукописей из «библиотеки Шнеерсона» в США в рамках реституции культурных ценностей (оставшаяся в СССР часть библиотеки лидера движения хасидизма хабад Й. И. Шнеерсона, хранящаяся в Российской государственной библиотеке).

С 1992 г. президент Международной ассоциации содействия культуре.

В 2001–2006 гг. член Совета при Президенте РФ по культуре и искусству.

Депутат Государственной думы Российской Федерации 2-го и 3-го созывов от КПРФ (1995–2003). В Государственной думе РФ 3-го созыва председатель Комитета по культуре и туризму (1999–2003). Выступал за усиление государственного контроля над телевидением и поддержку производства российских фильмов и радиопередач. Вместе с С. С. Говорухиным и другими депутатами инициировал принятые в 2001 г. поправки в закон «Основы законодательства Российской Федерации о культуре» (закрепили ответственность государства за сохранение культурного наследия, обеспечили защиту права граждан на творчество, исключили из общего порядка приватизации объекты культуры и др.). В 2003 г. препятствовал возвращению из России в ФРГ «Балдинской коллекции» (собрание произведений западноевропейского искусства, вывезенных в конце Второй мировой войны 1939–1945 гг. из Третьего рейха в СССР советским офицером В. И. Балдиным).

Депутат от КПРФ (2005–2020), заместитель председателя (2009–2020) Московской городской думы. Инициатор законопроектов, направленных на улучшение социального обеспечения уязвимых групп населения в Москве (в том числе предлагал ввести налог на бездетность для обеспеченных людей и тратить эти средства на поддержку многодетных семей, ввести бесплатные питание и проезд для школьников, и др.). Ряд других его законодательных инициатив были направлены на защиту нравственности, культуры и русского языка.

Премия Ленинского комсомола (1972, за талантливое художественное воплощение образов советских людей, за создание кинопроизведений, воспитывающих у молодёжи гражданственность, мужество, любовь к Родине).

Кавалер ордена Искусств и литературы (1990, Франция). Награждён орденом Дружбы (2015).

Жена – Ж. А. Болотова.

 Автор-Шпагин Александр Вадимович