Василий с супругой Екатериной Тимошенко на церемонии прощания с И. В. Сталиным.

После этого Василий был уволен в запас и за ним было установлено наблюдение. Теперь он был не столько опасен, сколько мог дискредитировать новую власть. Выпив, Василий разглагольствовал перед собутыльниками о том, что его отца наверняка отравили гады из Политбюро. А собутыльниками Василия могли стать не только советские граждане, но и какие-нибудь предприимчивые иностранцы, а потом западные газеты вышли бы с заголовками со слов Василия, что Сталина на самом деле убили новые советские вожди.
Словом, Василий вёл себя крайне неосторожно и непредусмотрительно и уже менее чем через 2 месяца после смерти отца дал повод арестовать себя. Сестра Василия позднее писала в мемуарах, что его арестовали после "попойки с какими-то иностранцами". Официально ему ставилось в вину превышение служебных полномочий, а также антисоветские высказывания и клевета на бывшего главкома ВВС Новикова, посаженного Сталиным в тюрьму.
Следствие по делу Василия вёл один из ближайших сподвижников Берии - Влодзимирский, но через вскоре после падения Берии он сам был объявлен врагом народа и расстрелян. После этого про сидевшего в Лефортово Сталина позабыли и следствие возобновилось только в 1955 году.
На возобновившихся допросах Сталин отказывался взять на себя вину за дело Новикова. В 1946 году главный маршал авиации Новиков внезапно был снят со своего поста и отправлен в лагеря на 6 лет, якобы в связи с приёмом на вооружение некачественных самолётов. Василий признавал, что в разговоре с отцом жаловался на самолёты, но не считал, что именно это было причиной ареста.
В действительности дело было связано, скорее всего, с борьбой между Ждановым и Маленковым (курировавшим авиапромышленность) и главной целью удара был Маленков, после этого дела угодивший в опалу и спасённый только Берией, который заступился за него (он был нужен ему в качестве противовеса набиравшему силу Жданову). Василий Сталин если и был причастен к этому делу, то скорее как пешка в чужих руках.

Георгий Маленков.

Что касается злоупотребления полномочиями, то Василий их охотно признал. Он сообщил, что действительно допускал существенные траты бюджета на проекты далеко не первостепенной важности, а также пользовался бюджетом для приобретения личных вещей во время послевоенного пребывания в Германии, но это была откровенная мелочёвка и на серьёзный срок не тянуло.
Однако антисоветские высказывания он наотрез отрицал. Показания эти были получены от его супруги, а также адъютантов. Сам Василий уверял, что показания истолкованы не верно и всё было совсем не так. Он действительно позволял себе резкие высказывания, но только в адрес Берии, который, как теперь выяснилось, является гнусным врагом народа и подлым негодяем. А про товарищей Булганина, Маленкова и Хрущёва он и слова плохого не сказал, наоборот, всегда хвалил.
Он также категорически отрицал якобы высказанное им намерение встретиться с иностранными журналистами, чтобы "изложить им клеветнические измышления". По злой иронии судьбы, судили Василия Сталина особым порядком, без прокурора и адвоката — механизм, придуманный Сталиным в 30-е годы и призванный без лишних помех и проволочек расправляться с политическими противниками.
В тюрьме:
Василий получил 8 лет лишения свободы. После приговора он был этапирован в знаменитый Владимирский централ. Он считался секретным узником, его настоящая личность тщательно скрывалась и он сидел под именем Василия Васильева. Но он был слишком известен и скрыть его было невозможно, вскоре уже вся тюрьма знала, что у них сидит сын вождя народов.
Сталин буквально засыпал письмами Хрущёва. Он не жалел красок, чтобы расписать гнусную роль проклятого изменника и подхалима Берии и даже поддержал начатое Хрущёвым разоблачение культа личности его отца. Он напоминал Хрущёву, что это его мать Светлана Аллилуева познакомила его со Сталиным и сыграла немалую роль в его выдвижении, что она всегда с теплотой относилась к нему. После того как Хрущёв добился отстранения т.н. "Антипартийной группы" Молотова, Маленкова, Кагановича, он писал ему письма со словами поддержки, свидетельствуя о том, что это были плохие и бесчестные люди.

Никита Хрущев.