Первый раз в воздух ВВА-14 поднялся 4 сентября 1972 г. с экипажем в составе летчика-испытателя Ю.М. Куприянова и штурмана-испытателя Л.Ф. Кузнецова. Полет, продолжавшийся почти час, показал, что устойчивость и управляемость машины в воздухе в пределах нормы и ничуть не хуже, чем у традиционных самолетов.
Как и на земле, в воздухе ВВА-14 выглядел очень необычно, получив за свою «трехголовость» при виде снизу (центральный нос-фюзеляж и два бортовых отсека) ещё одну кличку — «Змей Горыныч». К отдельным полетам в качестве самолета сопровождения и самолета-эталона для калибровки пилотажно-навигационного оборудования привлекался Бе-30 (?05 «ОС»).
Летные испытания первого этапа завершились к лету 1973 г. Их результаты подтвердили, что оригинальная аэродинамическая схема с крылом-центропланом вполне жизнеспособна, а маршевая силовая установка и основные системы работают надежно и обеспечивают выполнение испытательных полетов.
Но самым значимым итогом этого этапа летных испытаний стало то, что под самолетом при полете вблизи земли толщина динамической воздушной подушки оказалась значительно больше по отношению к средней аэродинамической хорде крыла, чем это считалась ранее. При средней аэродинамической хорде ВВА-14 в 10,75 м эффект динамической подушки ощущался с высоты 10-12 м, а на высоте выравнивания (около 8 м) подушка была уже так плотна и устойчива, что Ю.М. Куприянов на разборах полетов много раз просил разрешения бросить ручку управления и дать машине сесть самой. Провести такой эксперимент ему, правда, так и не дали, опасаясь, что может просто не хватить взлетной полосы.

Единственным серьезным инцидентом был отказ гидросистемы ?1 в первом полете. Причиной стало разрушение трубки отвода рабочей жидкости от насосов, из-за совпадения колебаний фюзеляжа с частотой пульсации жидкости. Выход из положения нашли, заменив трубки на резиновые шланги.
Хотя перспективы получения реальных, а не «бумажных» подъемных двигателей оставались весьма неопределенными, наконец, было готово пневматическое взлетно-посадочное устройство (ПВПУ). Поплавки ПВПУ имели длину 14 м, диаметр 2,5 м, объем каждого составлял 50 м3. Они были спроектированы Долгопрудненским КБ агрегатов и изготовлены на Ярославском шинном заводе.
Поэтому зиму 1973-74 гг. ВВА-14 («1М») провел в цехе опытного производства ОКБ где на него установили системы и устройства ПВПУ. Одновременно выполнялись статические испытания на специально подготовленном поплавке.
Выпуск поплавков осуществлялся двенадцатью управляемыми пневматическими кольцевыми эжекторами — по одному на каждый отсек поплавка. Воздух высокого давления отбирался от компрессоров маршевых двигателей. Уборка ПВПУ осуществлялась гидроцилиндрами, которые воздействовали через продольные штанги на тросы, охватывающие поплавки, вытесняя воздух из их отсеков через редукционные клапаны.

Поплавки и система их уборки-выпуска была буквально напичканы различными уникальными устройствами и системами, поэтому оказались очень непростыми в доводке и наладке, которые продолжались всю весну и часть лета 1974 г.
Затем начался этап испытаний ВВА-14 на плаву. Поскольку шасси все время морских испытаний находилось в убранном положении, для спуска и подъема машины с надутыми поплавками были изготовлены специальные перекатные тележки.
Первым делом была проверена непотопляемость самолета при разгерметизации отсеков поплавков. Сброс давления из двух отсеков одного поплавка подтвердил, что ВВА-14 сохраняет при этом нормальную плавучесть. После наступил черед рулежек с постепенным увеличением скорости движения по воде. Испытания показали, что максимальная скорость при этом не должна превышать 35 км/ч. На больших скоростях машина начинала опускать нос к поверхности воды и возникала опасность деформации и последующего разрушения мягких поплавков. Но для вертикально взлетающей амфибии этой скорости было вполне достаточно.

По окончании этапа мореходных испытаний испытательные полеты продолжились пока при убранных поплавках ПВПУ. Однако к этому времени интерес заказчика к ВВА-14 заметно угас. Основное внимание уделялось совершенствованию уже поступивших на вооружение Бе-12, Ил-38 и Ту-142. Стало окончательно ясно, что подъемных двигателей с приемлемыми характеристиками не будет даже в отдаленном будущем. Поэтому ещё в разгар работ по монтажу и испытаниям ПВПУ Р.Л. Бартини принял решение доработать «1М» в аппарат по типу экраноплана с поддувом воздуха от дополнительных двигателей под центроплан. Начатые в этом направлении работы привели к созданию экспериментального экранолета 14М1П, но его испытания начались уже без Бартини. В декабре 1974 г. Роберта Людовиковича не стало.
Летные испытания, по инерции, продолжились и в 1975 г. Предстояло испытать ПВПУ и поведение машины с выпущенными поплавками в полете. Предварительно провели серию пробежек и подлетов с постепенным увеличением степени выпуска поплавков (для этого гидросистема самолета была соответствующим образом модифицирована).
Первый полет ВВА-14 с полным выпуском и уборкой поплавков в воздухе состоялся 11 июня 1975 г. с экипажем в составе Ю.М. Куприянова и Л.Ф. Кузнецова. Всего в период с 11 по 27 июня, в испытательных полетах, было выполнено 11 выпусков-уборок ПВПУ. Особых проблем в поведение машины в воздухе выпущенные поплавки не вызвали. Выявившаяся при испытаниях тряска самолета с надутыми поплавками при выпущенных закрылках, «как при пробежках по грунтовой полосе» по замечанию летчиков, опасности не представляла и могла быть устранена изменением формы хвостовых частей поплавков. Все попытки самолета рыскать при выпущенном ПВПУ устойчиво парировались системой автоматического управления САУ-М.
Эти полеты стали завершающим аккордом в истории ВВА-14. Всего с сентября 1972 г. по июнь 1975 г. на машине «1М» было выполнено 107 полетов с налетом более 103 часов.