Чтобы воспрепятствовать возможному доступу союзников к секретной аппаратуре на борту самолёта немецким командованием было решено совершить диверсионный рейд на швейцарский аэродром, чтобы уничтожить истребитель и показать Швейцарии, что с Германией пререкаться все-таки не стоит. Планированием операции занимался не безызвестный Отто Скорцени, уже успевший тличиться в нескольких подобных операциях. Узнав о готовящейся операции, начальник внешней разведки бригадефюрер СС Вальтер Шелленберг решил срочно вмешаться, чтобы избежать непредсказуемых последствий этого нападения. Обе стороны сели за стол переговоров.Воспользовавшись хорошими личными контактами с руководителем швейцарской разведки бригадиром Массеном, Шелленберг добился взаимовыгодной сделки: Германия согласилась продать Швейцарии 12 истребителей Bf.109G-6 за 500 тысяч золотых швейцарских франков, а швейцарская сторона в присутствии немецких представителей должна была уничтожить самолет и его оборудование.
18 мая 1944 года «Мессершмитт» Йохнена был сожжён. На следующий день в Швейцарию прибыли обещанные 12 истребителей. Однако немцы продали истребители с изношенными двигателями, и в результате в 1951 году Швейцария выиграла судебное дело против фирм «Даймлер» и «Мессершмитт», после чего эти фирмы выплатили денежную компенсацию.
Имеются сведения как минимум ещё о двух оснащённых локаторами Bf.110, интернированных на территории Швейцарии.
К 1945 г. состав ВВС пополнился также истребителями С.3801 С.3802 и штурмовиками С.3603, которые находились на вооружении пока в середине 1950-х гг. их полностью не сменили реактивные самолёты. Больше в боях швейцарские истребители не участвовали, так как к этому времени фронт отодвинулся далеко на восток.
Находящаяся в центре Европы Швейцария, являясь нейтральной страной, была удобным местом для организации там легальных и нелегальных резидентур. Например, военная разведка РККА имела в стране целых три независимые сети (с одной из которых сотрудничал Шандор Радо). Резидентуры Разведупра РККА, работавшие в Швейцарии, проходили в гестапо по делу «Красная капелла» и рассматривались германской контрразведкой как часть единой советской разведывательной сети в Западной Европе.
В Берне вёл разведывательную деятельность сотрудник Управления стратегических служб (разведывательный орган США), первый шеф ЦРУ Аллен Даллес. Несмотря на нейтралитет Швейцарии, в ходе Второй мировой войны её правительство регулярно испытывало на себе давление как со стороны держав Оси, так и со стороны союзников. Каждая из заинтересованных сторон стремились использовать положение страны в своих интересах и в то же время противодействовать интересам противника. Причём изменение ситуации на фронтах соответственно влияло и на интенсивность внешнеполитических влияний.
Например, именно под давлением союзников Швейцария в 1944 году запретила транзит немецких и итальянских грузов через свою территорию.

После победы Красной Армии и союзных войск над Германией ситуация в Швейцарии во время войны и её политика того периода стали предметом критического отношения со стороны победителей.
Суть претензий сводилась к тому, что политика Швейцарии по сути способствовала продолжению войны, и что предоставляемые Швейцарией услуги, экспорт и кредиты нацистской Германии в значительной степени не могут быть обоснованы. Швейцарии ставили в вину:
Промышленность Швейцарии традиционно зависела от экспорта продукции машиностроения, часов, химической продукции и фармацевтики. В то же время высокая плотность населения, жёсткие условия для ведения сельского хозяйства (особенно в альпийском регионе) влекли за собой дефицит сырья, продовольствия и являлись причиной отрицательного торгового баланса. Впрочем, предпринятые в ходе первой трети XX века усилия по развитию туризма, предоставлению транспортных услуг и финансовых услуг (банковское дело и страхование) постепенно увеличивали их долю в ВВП.
Однако во время Второй мировой войны импорт снизился с 30 % национального продукта (средний показатель в конце 1920-х годов) до 9 %, экспорт с 25 % до 9 %. Доходы от туризма практически прекратились.

В целом ситуация очевидна: несмотря на всю сложность взаимоотношений Швейцарии и Третьего рейха, «темные» банковские транзакции и откровенное заигрывание руководства страны с нацистами, к военно-воздушным силам никаких претензий нет. Действия ВВС Швейцарии целиком совпадали с доктриной нейтралитета — любые провокации и нарушения воздушного пространства пресекались самыми решительными методами. В то же время швейцарцы старались не выходить за рамки международного права. Ни одна из воюющих сторон не имела приоритета в случае встречи с истребителями с красно-белыми крестами на крыльях. Нарушителей препровождали на аэродромы, рискнувших оказать сопротивление безжалостно сбивали. Швейцарские пилоты действовали грамотно и профессионально, подчас низвергая с небес на землю гораздо более сильного и многочисленного противника.
Остается добавить, что в годы войны на вооружении ВВС маленькой горной страны находилось свыше ста истребителей «Мессершмитт» (включая устаревшие 109D, интернированные машины и 12 приобретенных истребителей модификации 109G-6).