"И тут немцы поняли, что швейцарцы — "альпийские русские", и что с ними лучше дружить..."
К счастью для швейцарцев, войны не случилось. Швейцария была полезнее Рейху в качестве партнера, нежели в качестве врага. Несмотря её малые размеры (площадь Швейцарии примерно равна площади Крыма), вооруженное вторжение в горную страну, испещренную тоннелями, укреплениями и высеченными в скалах огневыми точками, при 100% мобилизации её населения (прекрасно обученной и хорошо оснащенной народной милиции) делало захват Швейцарии крайне длительным и затратным мероприятием. На это ушло бы не 2-3 дня, как это планировало немецкое руководство.
40-дневное противостояние Люфтваффе и «Швайцер люфтваффе» стоило немцам 11 самолетов. Потери швейцарцев оказались заметно ниже — всего 2 истребителя Bf.109E и один патрульный С-35.
С середины 1940 года на германско-швейцарской границе восстановилось хрупкое перемирие. Обе стороны не предпринимали никаких враждебных действий по отношению друг к другу. Лишь изредка сбившиеся с курса германские самолеты перехватывались швейцарскими истребителями и принуждались к посадке на аэродромах Швейцарии. Интернированная авиатехника включалась в состав швейцарских ВВС, однако большая её часть была непригодна к полетам ввиду отсутствия необходимых запчастей.
С 1943 года союзники приступили к планомерным массовым бомбардировкам целей на территории Германии, что повлекло за собой увеличение количества заходов самолётов воюющих сторон в воздушное пространство Швейцарии. Естественно, связана она была с массовыми бомбардировками Германии. Около месяца швейцарцы наблюдали за пролётами американских “летающих крепостей” В-17 и В-24, перехватить которые не представлялось возможным поскольку летали они на недосягаемых для Bf.109E высотах. Кроме того, несколько раз самолёты ВВС США бомбили швейцарские города: 1 апреля 1944 года — Шаффхаузен на севере страны, 25 декабря 1944 года — Тайнген, 22 февраля 1945 года подверглись бомбардировкам сразу 13 населённых пунктов на территории Швейцарии, 4 марта 1945 года — одновременно Базель и Цюрих.

Швейцарские лётчики снова получили приказ принуждать к посадке одиночные самолёты-нарушители и атаковать групповые цели. В результате этого уже в начале марта 1944 года был сбит один американский бомбардировщик, а второй посажен на швейцарский аэродром.
В ходе начавшихся переговоров между сторонами американские представители объясняли свои бомбёжки плохими погодными условиями и навигационными ошибками пилотов. Швейцария требовала прекратить бомбардировки и компенсировать нанесённый ущерб. Правительство США принесло официальные извинения и ещё до предоставления данных об ущербе выплатило $1.000.000 в счёт возмещения ущерба. В октябре 1944 к этой сумме были добавлены ещё $3.000.000.
Американским лётчикам было запрещено бомбить цели ближе, чем за 50 миль от швейцарской границы, если они не могут быть положительно идентифицированы.
Тем не менее с увеличением масштабов бомбардировок Германии увеличивалось количество инцидентов. И если швейцарские истребители ничего не могли предпринять против формаций, превышающих 100 бомбардировщиков, они нападали на одиночные самолёты, иногда даже не имея для этого обоснований.
Так, 13 апреля 1944 года швейцарский пилот обстрелял повреждённый американский бомбардировщик, несмотря на то, что его экипаж при приближении швейцарского истребителя выпустил шасси — по международным правилам это означало «следую на указанный вами аэродром». Семь американских пилотов погибло.
С целью минимизировать риск подобных инцидентов, а также снизить напряжение в отношениях между представителями союзников и швейцарцами, в сентябре 1944 года командующему швейцарской армии генералу А. Гизану поступило предложение от Штаб-квартиры Союзного экспедиционного корпуса (SHAEF) направить в их расположение швейцарских представителей.
После этого четыре швейцарских офицера были откомандированы в союзные войска.
Наиболее громкий инцидент случился 28 апреля 1944 г. Командир эскадрилии 5./NJG 5 Люфтваффе обер-лейтенант Вильгельм Йохнен со своим экипажем в воздушном бою сбил два английских бомбардировщика и в погоне за третьим пересёк границу Швейцарии. На швейцарской авиабазе Дюбендорф совершил аварийную посадку ночной истребитель Bf.110G-4/R7, оснащенный новейшим радаром FuG220 «Лихтенштейн» и огневой установкой «Неправильная музыка» (с размещением пушек под углом к горизонту, для стрельбы «снизу-вверх» — с такого ракурса было проще заметить британские бомбардировщики на фоне более светлого неба). Хуже того, на борту «Мессершмитта» находился секретный планшет со списком радиокоманд немецкой системы ПВО.
Немецкая спецгруппа под руководством Отто Скорцени немедленно приступила к подготовке рейда на авиабазу Дюбендорф с целью уничтожения истребителя и документов до того, как они попадут в руки британской разведки. Впрочем, вооруженного вмешательства не потребовалось — обе стороны достигли консенсуса мирным путем. Швейцарские власти уничтожили самолет и его секретное оборудование, взамен им была предоставлена возможность приобрести 12 новейших «Мессеров» модификации 109G-6. Как выяснилось впоследствии, нацисты обманули швейцарцев — полученные истребители оказались изношенной рухлядью. Двигатели всех 12 «Мессершмиттов» были на грани списания виду выработки их моторесурса. Швейцария не забыла обиды — в 1951 году швейцарцы в судебном порядке добились выплаты компенсации.